Tussen het jaar 100 en 1250 waren er in Indonesië vele koninkrijken. Sommige bestonden uit kleine dorpjes, andere uit grote gebieden. Indiase handelaren en Boeddhistische monniken verspreidden met succes hun geloof over de eilanden. De Islam is op de eilanden geïntroduceerd door de Arabische kooplieden. Dit was een groot succes en veel mensen bekeerden zich tot dit nieuwe geloof.
In de 16e eeuw kwamen de eerste Europeanen naar Indonesië. Het waren de Portugezen die handel dreven met de Indonesische bevolking. In 1596 arriveerden de eerste schepen uit Holland. Die namen binnen zes jaar de macht over op de Indonesische eilanden wat in 1602 had de Verenigde Oost-Indische Compagnie, ook wel de VOC genoemd, de macht over alle eilanden. De VOC ging in 1799 echter bankroet maar Indonesië bleef bij Nederland horen. Nederland verdiende namelijk veel geld met de rubber, tabak, thee, koffie en andere specerijen uit Indonesië. De arbeiders die op al deze plantages werkten moesten hoge belastingen betalen maar verdienden heel weinig. Toch duurde het tot de 20e eeuw voordat ze zich tegen de Nederlanders gingen verzetten.